Od 2002 roku Knowles pozostaje w związku z raperem Jayem-Z, z którym kilkakrotnie współpracowała muzycznie. Pogłoski na temat łączących ich romantycznych relacji pojawiły się po nagraniu wspólnego utworu „'03 Bonnie & Clyde”. Jednak mimo zainteresowania, artyści nie ujawniali informacji na temat życia prywatnego. Od tego czasu media kilkakrotnie informowały, jakoby para miała wziąć ślub, jednakże Beyoncé ostatecznie ucięła spekulacje twierdząc, że „ona i Jay-Z nie są nawet zaręczeni”. Dwa lata później to raper został zapytany o małżeństwo, odpowiadając: „Pewnego dnia – pozostawmy to w tym punkcie.”
4 kwietnia 2008 roku Beyoncé wyszła za mąż za Jaya-Z podczas prywatnej ceremonii na tarasie apartamentu Jaya-Z w nowojorskiej dzielnicy Tribeca. Fakt ten został nagłośniony przez media kilkanaście dni później, 22 kwietnia, kiedy część publikacji dotarła do informacji, że para wypełniła dokumenty ślubne. Jednak mimo to, artyści nie potwierdzali ani nie komentowali oficjalnie żadnych doniesień prasowych; sama Beyoncé nie ujawniała również swojego pierścionka zaręczynowego. Dopiero 5 września 2008 roku, podczas koncertu Fashion Rocks, wokalistka pokazała się publicznie w wartym 5 milionów dolarów pierścionku projektu Lorraine Schwartz. Media okrzyknęły uroczystość ślubną pary mianem jednego z najpilniej strzeżonych wydarzeń w historii show-biznesu; pomimo upływu lat, pierścionek zaręczynowy pozostawał bowiem jedynym znanym, potwierdzonym elementem związanym z ceremonią.
28 sierpnia 2011 roku Beyoncé i Jay-Z oficjalnie potwierdzili, że spodziewają się pierwszego dziecka. W listopadzie 2011 roku Kelly Rowland zdradziła w jednym z wywiadów jego płeć, mówiąc: „Nie mam pojęcia, co kupię Beyoncé z okazji baby shower, bo Jay-Z zamierza dać małej księżniczce wszystko to, co możliwe. Myślę jednak, że nie będzie 'zepsuta', tylko po prostu obdarzona ogromną opieką i troską.”Córka Beyoncé i Jaya-Z, Blue Ivy Carter, przyszła na świat w sobotę, 7 stycznia 2012 roku, w prywatnym skrzydle nowojorskiego szpitala Lennox Hill w Upper East Side. Jako pierwszy, informacje o narodzinach Blue Ivy opublikował dziennik The Houston Chronicle; krótko po tym powielił je serwis E! Online. Następnie kolejne wiarygodne źródła, włączając w to Billboard, USA Today, Fox News, ABC News iMSNB, również oficjalnie poinformowały o przyjściu na świat pierwszego dziecka Beyoncé i Jaya-Z. Wśród pierwszych osób z otoczenia pary, które odniosły się do narodzin Blue Ivy był magnat przemysłu muzycznego, Russell Simmons, który w serwisie Twitter napisał: „Gratulacje dla moich dobrych przyjaciół Beyoncé i Jaya-Z.” Z kolei Rihanna zamieściła na tej samej stronie wpis: „Witaj na świecie, księżniczko Carter! Ciocia Rih.”